马尔代夫的水域可能看起来非常纯净，但就如其他任何地方一样，经济发展与商业活动对海洋环境会产生不利的影响。马尔代夫政府意识到水下世界是这里最主要的吸引力，对钓鱼、珊瑚采集和旅游运营实施了很多限制和控制。25个受保护的海洋地区已经建立起来，这些地方是受到特殊管理的，2011年，Noonu环礁已经开始着手修建马尔代夫第一个国家海洋公园。
旅行者一定要尽力确保自己的活动不会破坏当地环境，以免对未来造成不良影响。以下的规定总体上对环境保护来说是必需的，其中多数也同样适用于浮潜者和潜水者。
》不要在暗礁上使用铁锚，注意不要把船搁浅在珊瑚上。鼓励潜水运营商和管理机构在受欢迎的潜水地点建立固定的下锚处。
》避免身体碰到活的海洋组织，或者在暗礁间拖拉装备。即使最轻微的触碰也可能会伤害珊瑚虫。
》绝不要站在珊瑚上，即便它们看起来很坚固强壮。如果你一定要抓住它们来防止在水浪中被冲走的话，就抓死去的珊瑚。
》注意你的脚蹼。即使没有碰到暗礁精美娇弱的海洋组织，但由其摆动所划出的翻滚的波浪却可以破坏它们。当在浅的暗礁区域行走时，注意不要激起一团团的沙。沙的沉降很容易让暗礁上脆弱的组织窒息。
》抓龙虾与贝类和用鱼叉捕鱼一样，都是被禁止的。移动任何活的或死的珊瑚、贝壳也是违法的。所有遇难沉船的地点都是被法律保护的。
》把你所有的垃圾和任何你所能找到的垃圾都带回家。塑料制品对海洋生物来说尤其是一个严重的威胁，海龟可能会把塑料制品当成水母误食。不要向船外扔烟头。
》抑制喂鱼的冲动。这样做可能会打乱它们正常的饮食习惯、激发它们攻击性的行为，而且你投喂的食物可能还是一些对它们健康不利的食物。
》练习和维持合适的浮力控制。潜水者下降太快会撞到暗礁，从而可能造成较大的破坏。
》好好对待水下洞穴。在里面待的时间越短越好，因为你呼出的空气气泡可能会滞留在洞穴顶部，从而令气泡上面之前的生物因缺水而干死。轮流去观看小的洞穴的内部，这会减少破坏性触碰的可能性。
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